Francia nella quale le armi furono favorevoli ai Francesi che vittoriosi subentrarono nel dominio tanto a Trieste che nell’ Istria.
    II governo francese allontanò subito i Cappuccini dal loro Ospizio di S. Giuseppe e s’impossessò dei luoghi prima da essi occupati. Nel 1807, la chiesa, il convento ed accessori dopo aver servito a varii usi profani, venne ridotto ad ospedale militare. Così continuò ad esser tale anche dopo il 1813, quando gli austriaci ebbero già rioccupata l’Istria. Nel 1815 il convento dei Cappuccini, il luogo di edificazione e di conforto spirituale, “ era un ammasso di cenci, di sozzurre e di vergognose indecenze “.
    Il governo austriaco in quel turno di tempo aveva intenzione di sopprimere il convento di S. Marta di Capodistria, traslocando i Cappuccini ivi addetti, a Dignano, per riordinare il convento di S. Giuseppe e riaprire la chiesa. Ma gli ispettori delle undici contrade di Capodistria si accorsero in tempo è presentarono al vescovo ed al podestà una lettera, nella quale, enumerando le benemerenze dei Cappuccini, pregavano le due autorità di intervenire presso il governo per impedire la soppressione del convento. Così infatti avvenne ; il governo accolse la domanda dei capodistriani e comunicò al Vescovo in data 24 marzo 1815 “il proprio consenso circa 1’ esistenza del Convento di S. Marta
    Il podestà di Dignano di allora, Gianandrea dalla Zonca, a nome dei dignanesi tutti, per interesse del Comune, in data 6 settembre 1815, rivolse pure una preghiera all’ imperiale Governo del Litorale di Trieste per il ritorno dei R.R. Padri Cappuccini, e il ripri-stinamento della chiesa e del convento. Eguale domanda espose pure il signor Giovanni Benussi fu Giambattista per conto proprio e degli altri suoi fratelli tutti coeredi del donante Giampietro chiedendo in via subordinata la restituzione degli stabili donati ai frati, essendo venuta a mancare la condizione voluta dal donatore.
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