Intanto nell’arsenale si procedeva a costruire un grosso galeone adattandolo per la guerra contro i pirati ed egli ne ebbe il comando.
    Nel 1556 fu destinato a dirigere il Collegio della milizia di mare dove si istruivano nell’arte marinaresca i giovani patrizi.
   Nel 1558 venne eletto Provveditore Generale d’Armata (8) e nel 1560 incontrato il famoso corsaro genovese Filippo Cicala ne affondò le navi e mandò il corsaro prigioniero a Venezia.
   Nel 1562 presso Cefalonia combattè prima contro tre fuste barbaresche che furono tutte affondate e nel Giugno dello stesso anno si incontrò con 5 galere barbaresche comandate da Mustaphà. Questo pirata da tempo correva colle sue galere il Mediterraneo e con sbarchi improvvisi e con continue prede aveva terrorizzato tutte le nostre coste spingendosi perfino in Dalmazia. Già il Capitano del Golfo Antonio Canale aveva avuto occasione di incontrarsi con questo corsaro al quale anzi aveva prese due fuste. Il combattimento avvenne in prossimità dell’isola di Saseno e fu quanto mai feroce. Delle 5 galere corsare 4 vennero catturate e mentre il Canale con mirabile intrepidezza e con sommo valore sosteneva la parte di Comandante Superiore e di ottimo soldato, scorrendo con l’arco in mano e saettando il nemico con la sua grande abilità ed eccitando ognuno a compiere il suo dovere, fu colpito da due freccie nemiche ad un piede ed al fianco. Sebbene ferito gravemente volle restare a dirigere il combattimento e non potendo reggersi in piedi si sedette sul punto più elevato della poppa della sua galera da dove continuava ad incitare i suoi alla vittoria.
   Della mortale ferita riportata dal Canale non venne data notizia ad alcuno e suo figlio Girolamo ancora giovinetto che era a bordo come nobile di poppa si pose al fianco del padre per proteggerlo col suo scudo contro le numerose freccie che contro di lui venivano scagliate.
   Direttasi la squadra a Corfù il Canale vi morì dopo pochi giorni
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