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L'anno successivo 1631 sorsero attriti tra la Repubblica e la Santa Sede per l'usurpazione fatta da T addeo Barberini alla morte di Francesco Maria Della Rovere del Ducato di Ur­bino. La Repubblica ruppe le relazioni diplomatiche con la Santa Sede anche perchè tra i due Stati esistevano divergenze per la sistemazione dei confini nel ferrarese. 
Il Capitano del Golfo Luca Pesaro entrò con qualche ga­lera e barche armate all'ancoraggio di Goro dove catturò al­cuni navigli pontifici che sbarcavano viveri per Ferrara. Fu per interessamento della Francia che la guerra fu evitata. 
Le divergenze colla Sede Apostolica si riacutizzarono an­cora pochi anni dopo nel 1642, quando i Barberini si impa­dronirono della T erra di Castro che apparteneva ad Edoardo Farnese Duca di Parma. Si concluse perciò una lega tra i Duchi di Parma e di Modena, il Granduca di Toscana e la Repub­blica per frenare la prepotenza dei Barberini che aspiravano anche ad insignorirsi di Modena e Parma. 
Durante le azioni terrestri che si svolsero nel ferrarese nel 1643, 9 galere, 2 galeazze ed alcune barche armate veneziane danneggiarono le coste pontificie fino ad Ancona e catturarono varie navi da commercio. Eseguito uno sbarco a Cesenatico il borgo venne saccheggiato. Davanti a Senigallia colpito da un colpo di artiglieria costiera morÌ il Governatore di galeazza T om­maso Contarini. 
Nell'annD successivo mentre la Repubblica si preparava a spingere la guerra sul mare con maggior alacrità, venne con­clusa la pace, avendo il Papa deciso la restituzione di Castro al Duca di Parma. 
In questi anni avvenne anche un importante combatti­
mento coi corsari barbareschi che per vero miracolo non fu 
causa di una guerra colla Turchia. 
Nel 1638 essendosi accesa la guerra tra il Sultano Murad e la Persia, i Bey Barbareschi, secondo gli impegni che avevano, inviarono le loro unità navali in Arcipelago per unirsi alle forze ottomane. Cammin facendo compirono ovunque atti di pira­teria e catturarono quante navi cristiane incontrarono sul loro cammino. I più importanti raggruppamenti erano costituiti da 8 galeotte di T unisi al comando di Suppader e da 8 galere di Algeri comandate da Alì Picinino. Alì, sapendo che l'Armata