Jonie, dacché invano, a quanto dicesi, le aveva chieste a Napoleone Bonaparte per riunirle con l’Epiro, promettendo in compenso di proclamarsi vassallo della Francia. Se non che quelle isole furono, il marzo 1799, occupate da un’armata turcorussa e quindi costituite in repubblica sotto il protettorato della Turchia e della Russia (Convenzione di Costantinopoli del 21 marzo 1800). La Francia riconobbe la Repubblica delle Isole Jonie nel trattato di Amiens (marzo 1802). Ali soprassedette e volle intanto aver ragione ad ogni costo degli abitanti di Suli. Nel 1799 un nuovo esercito di 12,000 uomini venne respinto da Mosko, da Foto Zavella e da Kisto Botzari. Ma l’ultima campagna condotta fra il 1800 e il 1803 ottenne finalmente l’esito agognato, e Ali dopo aver riguadagnati col denaro coloro che si erano uniti ai sulioti e dopo essere riuscito a far esulare Foto Zavella, nonostante l’ostinato valore di quei montanari e l’energia del monaco Samuele che li animava alla resistenza, potè finalmente costringerli a capitolare in capo a tre anni di guerra il 12 dicembre 1803. Aveva dovuto impiegare nell’impresa 30,000 uomini! Il monaco Samuele aveva dato' fuoco alle polveri ed era saltato in aria con 600 musulmani. Kisto Botzari era caduto con dieci compagni nelle mani dei nemici, che lo fecero perire tra i tormenti. Meritano poi glorioso ricordo le donne di Zalongo, che dopo aver combattuto da eroine, per non essere preda dei vincitori si precipitarono nei burroni e nei fiumi tenendosi per mano e cantando o coi figli lattanti tra le braccia. A quei sulioti che potè avere in poter suo il feroce Ali fece pagare il fio per